夏も本番となる8月8日、富士スピードウェイではAUTOBACS全日本GT選手権第4戦「JAPAN SPECIAL GT CUP」の予選が開催された。前日は時折雨も降っただけに天候も心配されたが、終始ドライコンディションで行われ、前評判通りNSX勢がトップを争い、No.100 RAYBRIG NSXがコースレコードの1分27秒316で開幕戦鈴鹿以来のポールポジションを獲得した。

予選1回目は、午前10時30分より1時間の予定で始まった。天候は曇り。雨の気配はないものの雲は暗く、天候の悪化も考えられるためか、各車早めのアタックとなった。開始わずか7分後にはNo.64 Mobil1 NSX（T.コロネル）が従来のコースレコード1分28秒625を更新する1分28秒172を記録。そのわずか20秒にはNo.16 Castrol無限NSX（道上龍）が28秒056とトップを奪い、この後の激しいタイムアップを予感させた。No.16とNo.64はこの後もアタックを続け、ともに27秒台に突入。10分過ぎにはNo.16が27秒527までタイムアップ。このNSX勢に続いたのは、No.12カルソニックスカイラインだった。10分過ぎ6周目に星野一義は1分28秒723で、この時点で4番手と健闘。だが、No.39デンソーサードスープラGTの谷川達也がこれもレコード更新の28秒339でカルソニックを抜いて4番手に。そして、15分経過した時点で第2戦、第3戦と予選で奮わなかったNo.100 RAYBRIG NSXの飯田章が1分27秒316というスーパーラップを叩き出し、リーダーボードのトップに立った。この後、このタイムを上回るものはなく、No.100 RAYBRIG NSXが暫定ポールを獲得した。

午後2時40分より行われる予定の予選2回目だったが、直前に霧が発生したために開始が20分遅れて午後3時からのスタートとなった。スタート直後はまだ1コーナー付近に霧が残り、各車ヘッドライトを点灯させての走行。このため、各車思い切ったアタックが出来ない。その中で午前はNSX勢の最後尾となったNo.18 TAKATA童夢無限NSX（山本勝巳）が7分過ぎにトップに立つと、さらに1分28秒498まで詰める。だが、No.39デンソーサードスープラGTの谷川が直後に28秒460で逆転。はじめてNSXのトップが脅かされたことにスタンドに喚声が挙がった。しかし、No.18が28秒284で再度逆転。ところが、No.39も次のラップで1分27秒994で再々逆転。さしものNo.18もこのタイムを更新することができずにこのまま予選を終了した。この他に予選2回目で注目されたのが、No.12カルソニックスカイラインで28秒551で3番手、そしてV10エンジンのパワーを活かしたNo.55 STPタイサンバイパーが28秒840で6番手となった。
　予選総合としては、午前のタイムでNo.100 RAYBRIG NSXがポールポジション。2回目にトップとなったNo.39デンソーサードスープラGTが総合4位とNSXの上位独占にくさびを打ち込んだ。

　GT300クラスは、午前中のセッションが始まってまもなくNo.25 つちやMR2の舘信吾が1分34秒608を出してトップに立った。続いてNo.61 テイボン・トランピオ・FTO、No.71シグマテック911、No.7 RE雨宮マツモトキヨシRX7などがタイムアップしてくるが、いずれも1分35秒台。つちやMR2に迫るチームは現れなかった。40分過ぎ、No.61が1分34秒629を出すが、わずかにトップには及ばなかった。午後のセッションは、霧の影響なのかタイムアップを果たしたクルマは少なかった。そこで注目を集めたのはNo.19 ウェッズスポーツセリカ。M.アンジェレッリのドライブで、午前中より約1秒タイムを縮め、1分35秒725でこのセッションの3番手となった。No.44 アペックスDLモモコルセMR2のP.ダンブレック、No.61 テイボン・トランピオ・FTOもタイムを縮めるが総合順位を逆転するにはいたらず、つちやMR2の舘がGTC初のポールを手にした。