波乱は決勝レース前から起こった。レース前に行われたフリー走行で予選8位のNo.38 FK/マッシモセルモスープラがエンジンブローを起こし、決勝レースへ出走することができなくなってしまった。この時の処理でレース開始が10分ほど遅れた。そして、ローリング時にうっすらと出ていた霧のせいもあり、ローリング・ラップは2周となり周回数は55周となった。


　比較的スローなペースでスタートしたレースは、ポールのNo.100 RAYBRIG NSX（飯田章）が飛びだし、ハイペースで逃げる。それに予選通りにNo.16 Castrol無限NSX（道上龍）、No.64 Mobil1 NSX（T.コロネル）、No.39 デンソーサードスープラGT（谷川達也）と続く。No.100は4周目には1分28秒219（これがこのレースのファステストラップ）、その後も29秒台で連発という予選並のハイペースで後続を引き離していく。後続の2台のNSXも29秒台に入れるが、ジワジワと差が開いて行き、15周目には5秒近い差が付いた。そして、トップNo.100が17周目を終えた頃、1コーナーでエンジンをブローさせたクルマがオイルを撒いてしまう。そこにNo.100飛び込んで行ってしまった。コントロールを失った飯田はそのままグラベルの中にはまってしまい、そこでレースを終えてしまった。後続のNo.64 コロネルも同じようにオイルに乗ったが、コロネルはコースアウトするものの、スピンを免れなんとかコースに戻る。さらにこのオイルでスピンするクルマが出たために、オイル除去作業を行うために、5周に渡ってセーフティーカー・ランとなる。

　ここで、作戦を変更し早めのピットインを行うチームが続出。そこでNISMOのNo.2 ZEXELスカイライン、No.23 ペンスオイル・ニスモGT-Rはあえて、ピットインをせずに先に延ばした。レース再開時には、No.2とNo,23が1，2位となるが、2台がルーティンのピットインを行った31周終了でトップはNo.39 デンソーサードスープラGT（土屋圭市）、それを2秒差でNo.16 Castrol無限NSX（中子修）が追いかける。30秒台前半のペースで追うNo.16は、31秒台ペースのNo.39に迫り、37周目のストレートでついに逆転となる。また、コースアウトで遅れたNo.64 Mobil1 NSX（山西康司）も3番手のNo.3 ユニシアジェックススカイライン（長谷見昌弘）、4番手No.12 カルソニックスカイライン（黒澤琢弥）を立て続けに抜き、40周目には3番手にまで盛り返した。しかし、No.3、No.12を振り切るまではいかず、この3台は終盤まで僅差で競り合うことになる。

　トップを行くNo.16はコンスタントに30秒台をキープし、2番手No.39を徐々に引き離していく。さらに47周時点でNo.39に黄旗追い越し禁止区間でのペナルティ30秒が科されることになり、これでNo.16の勝利が確定したかに見えた。だが、ラスト4周でNo.16にも黄旗違反のペナルティとなり、これで上位2台が一気に優勝争いから消えてしまった。これでラスト1周、No.64 Mobil1 NSXがトップに立つ。追う2番手No.3 ユニシアジェックススカイラインも必死に追いすがるが、No.64 山西はなんとか振り切ってゴール。NSXに待望の初勝利をもたらした。残った表彰台には、No.3 ユニシアジェックスとNo.12 カルソニックのスカイライン2台が入った。

　GT300クラスはクラスポールのNo.25 つちやMR2（舘信吾）が、好スタートを切り逃げをうつ。これをNo.61テイボン・トランピオ・FTO（中谷明彦）とNo.44 アペックスDLモモコルセMR2（新田守男）、No.7 RE雨宮マツモトキヨシRX7が追う展開となる。この上位陣で最初に脱落するのが、2番手のNo.61だった。23周目にドライブシャフトが壊れリタイア。次にNo.44もセーフティカー・ラン時のピットインをしたのはいいが、ピットアウトのタイミングが悪く隊列の一番最後に付くことになってしまった。これにより一気にNo.25（鈴木恵一）は楽になる。だがピンチはあった。ラスト15周時点でリアバンパーが壊れて急遽ピットイン。幸いほとんどダメージはなく、バンパーを外してすぐさま飛び出していった。結果、トップのままレースに復帰しそのまま逃げ切り、3連勝を飾った。2位はNo.44 アペックスDLモモコルセMR2、3位は終盤の接戦を制したNo.21 ダンロップBP-BMWがとなった。

山西康司「やっとNSXに勝ちをもたらすことができて、最高の気分ですね。終盤はブレーキがキツくなってきたし、クールスーツもなかったし、後ろから黒澤さんたちもハードに来たんで苦しかったです。でも、ストレートでは速かったし、負ける気はしませんでした。特にボクは病気でみんなに迷惑を掛けてしまったので、正直ホッとしました」

トム・コロネル「1コーナーでコースアウトしたときですが、先に100号車が飛び出すところを見て思わず笑いそうになったんですが、自分がそこに差し掛かった時、同じようにオイルに乗ってしまったのです。耐久レースですから、コースに戻れればなんとか挽回できると考えて、とにかくスピンをしないようにしました。で、ブレーキを踏みまっすぐ行こうと思いました。それが上手くいってコースに戻ることが出来ました。今後ですが、ボクはチャンピオンを取るために呼ばれたわけですから、ホンダのためにもチームのために確実にポイントを獲ってチャンピオンを目指したいです」

舘　信吾「（完勝ですね、という問いに）いや、今日はFTOが壊れたし、44号車もピットインの時に出口が閉まってすぐに出れなかったしと、運が良かった。そう、それとチーム力です。こうなったらどうしようとみんなで、いろいろ考えて練習したで、それがうまくいきました。3連勝は最高の気分ですが、チャンピオンシップを獲るのが目標ですし、残りのレース全部リタイアしたら意味がないんで、チャンピオンを取るために頑張ります」

鈴木恵一「（終盤リアバンパーが壊れてピットインしたときは？））いや、ボクは気づいてなかったんです。急にピットインのサインが出て、またスピード違反でもしたかなって（笑）。でも、戻ってからまだ『P1』のサインを見てホッとしました。もう一度勝って、チャンピオンを取りたいですね。でも次はアップダウンもあるコースだし、ハンデも増えるし、確実にポイントを獲りたいです」