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2021 AUTOBACS SUPER GT第2戦『たかのこのホテル FUJI GT 500km RACE』の予選が5月3日（月・祝）、静岡県の富士スピードウェイで行われた。GT500クラスのポールポジション（予選1位）はNo.19 WedsSport ADVAN GR Supra（国本雄資／宮田莉朋）の宮田が初の獲得。GT300クラスはNo.61 SUBARU BRZ R&D SPORT（井口卓人／山内英輝）の山内がポールポジションとなった。決勝レースは、4日午後2時30分にスタートする。
□公式予選 天候：曇り ｜ コース：ドライ ｜ 気温／路面温度 Q1開始16℃／24℃、Q2開始17℃／29℃、Q2終了16℃／28℃（GT300のもの）
午前の公式練習こそ五月晴れに恵まれたが、午後2時30分からスタートした予選Q1では雲も多くなる中、気温16度、路面温度24度のコンディションで迎えた。今回もGT300クラスのQ1はA組、B組と分けて行われたが、それぞれ10分間のQ1でA組は15台、B組は14台が出走した。
A組では、アウトラップから4周目に各車が続々とタイムを記録していくが、まず1分36秒427のターゲットタイムをマークしたのはNo.31 TOYOTA GR SPORT PRIUS PHV apr GT（中山友貴）。これに2020年に富士で2勝を飾ったNo.52 埼玉トヨペットGB GR Supra GT（吉田広樹）、No.244 たかのこの湯 GR Supra GT（三宅淳詞）が続く。しかし、このタイムを破り1分35秒台までタイムを縮めたのは、午前の公式練習でも首位だったNo.61 SUBARU BRZ R&D SPORT（井口卓人）。1分35秒963でトップを奪う。これにNo.2 muta Racing Lotus MC（加藤寛規）が続く結果となった。さらに、チェッカー間際にタイムを上げたNo.7 Studie PLUS BMW（荒聖治）が3番手でQ2進出を果たした。その一方、第1戦優勝の2020年チャンピオンのNo.56 リアライズ 日産自動車大学校 GT-R（藤波清斗）が、60kgのサクセスウエイトが響いたか13番手でQ1脱落を喫してしまった。
続いて行われたQ1のB組も、A組同様に各車4周目からアタックを展開。No.60 SYNTIUM LMcorsa GR Supra GT（河野駿佑）が、まずはタイミングモニターのトップにつけると、翌周も1分35秒727をマーク。これを越えるべく各車が狙っていく。しかしNo.55 ARTA NSX GT3（高木真一）やNo.11 GAINER TANAX GT-R（安田裕信）らがタイムを上げるものの、河野のタイムには届かず。このまま60号車がB組のトップでQ2進出を果たした。そして55号車、11号車、No.65 LEON PYRAMID AMG（菅波冬悟）、No.10 GAINER TANAX with IMPUL GT-R（星野一樹）がトップ5となった。
GT500クラスのQ1をはさみ、午後3時23分からスタートしたGT300クラスのQ2。これも10分間の走行時間となる。ここでSUPER GTルーキーの佐藤蓮がドライブするNo.55 ARTA NSX GT3がまずは1分35秒485をマーク。これをターゲットに各車がアタックを展開するが、チェッカー間際にスリップストリームをうまく使い、1分35秒343というタイムをマークしトップを奪ったのはNo.61 SUBARU BRZ R&D SPORTの山内英輝。これを破るドライバーは最後まで現れず。開幕戦岡山はQ1脱落で決勝も15位ノーポイントと悔しい結果に終わった井口と山内が共にセッショントップで、今季導入した61号車、新型BRZに初のポールポジションをもたらした。また、山内にとっては通算5度目のクラスポールとなった。
惜しくもポールポジションは逃したが、ルーキー佐藤の快走で予選2位を手にしたのはNo.55 ARTA NSX GT3。Q1に続きトップとはいかなかったが、3、4位にはNo.60 SYNTIUM LMcorsa GR Supra GT（吉本大樹／河野駿佑）、No.52 埼玉トヨペットGB GR Supra GT（吉田広樹／川合孝汰）と、TOYOTA GR Supra GT勢が2列目に並んだ。そして、富士で速さを見せる小高のQ2好走でNo.2 muta Racing Lotus MC（加藤寛規／阪口良平／小高一斗）が5位。その後ろには、No.11 GAINER TANAX GT-R（平中克幸／安田裕信）とNo.10 GAINER TANAX with IMPUL GT-R（星野一樹／石川京侍）とGAINERのGT-R GT3が続いている。
| 4/13-14 | Round1 OKAYAMA | |
| 5/03-04 | Round2 FUJI | |
| 6/01-02 | Round3 SUZUKA | |
| 8/03-04 | Round4 FUJI | |
| Postponed | Round5 SUZUKA | |
| 9/21-22 | Round6 SUGO | |
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10/19-20 | Round7 AUTOPOLIS |
| 11/02-03 | Round8 MOTEGI |